是的，天坛曾经被烧毁过。
1889年10月18日（清光绪十五年）下午5时30分，侵华日军司令部不顾中国官民反对，执意在天坛南部紧闭城门的永定门至天桥的千里城墙上拆毁敌楼、闸桥，填平护城河，安设大炮，向天坛内的中国守军阵地开炮轰击，企图摧毁天坛，制造轰炸天坛的借口。
炮弹从天坛东侧飞入，在祈年殿正殿和皇穹宇正殿爆炸，两座大殿受到严重破坏。10月24日（八国联军侵华）下午5时半，联军从天坛东、南、北三面攻入北京城，进入天坛内。10月25日（八国联军侵华）清晨，八国联军侵入北京紫禁城，兵临天坛。
由于日军在攻入北京后以天坛作为炮轰天安门广场的炮位，而联军士兵则曾到祈年殿遗址安营扎寨，1905年6月（清光绪三十一年）后因遗址内时有联军伤兵出没，多位清帝发布上谕旨禁人员入内，违者处死。
