牛首山金陵寺南朝佛教牛头禅法嗣祖庭，始建于南朝梁代天监二年（503年），原名普济禅院。唐时改名净因寺，宋末毁于兵火，明代洪武年间修复，后唐永乐年间更名为“报恩寺”。报恩寺因有一对石人、石马和一口重达8000斤的大铜钟而闻名遐迩。明万历十九年（1591年），在牛首山又建造了“净土寺”。明末，报恩寺毁于火灾。清康熙九年（1670年），朝廷拨款修复，赐名“弥陀寺”。清咸丰三年（1853年），寺庙毁于战火。同治九年（1870年），牛首山寺院再度修复。民国初年，寺庙再次毁于战火。现存大殿系清代同治年间重建。
1982年，南京市文物部门在牛首山南坡发掘出佛顶舍利宝塔一座，塔内藏有佛祖释迦牟尼顶骨舍利一节和金棺一具。1983年7月，南京市博物馆在牛首山发掘出南朝刘宋时期的佛像、佛教石刻造像、塔基、莲花座等一批重要文物。
